ประการแรกคือต้องควบคุมข้อบ่งชี้อย่างเคร่งครัด ต้องเข้าใจชนิดของจุลินทรีย์ก่อโรคและความไวต่อยา และทำการทดสอบความไวต่อยาหากเป็นไปได้
ประการที่สองคือ การใส่ใจในปริมาณยาและระยะเวลาการรักษา โดยทั่วไปแล้ว ปริมาณยาสูงสุดที่กำหนดไว้จะเหมาะสมสำหรับขนาดยาครั้งแรก และปริมาณยาสูงสุดนี้ยังเหมาะสมสำหรับโรคติดเชื้อเฉียบพลันและการติดเชื้อรุนแรงด้วย ควรเลือกวิธีการให้ยาให้เหมาะสม ในกรณีของการติดเชื้อรุนแรง ควรฉีดยาบ่อยขึ้น และการให้ยาทางปากจะดีที่สุดเมื่อโรคดำเนินไปอย่างช้าๆ
ประการที่สามคือการป้องกันไม่ให้แบคทีเรียดื้อยา ไม่ควรใช้ยาปฏิชีวนะชนิดเดียวเป็นเวลานาน ควรเลือกใช้ยาปฏิชีวนะที่มีประสิทธิภาพสลับกันไป
ประการที่สี่คือเพื่อป้องกันไม่ให้ระบบภูมิคุ้มกันได้รับผลกระทบ ไม่ควรใช้ยาปฏิชีวนะภายในไม่กี่วันก่อนและหลังการฉีดวัคซีนป้องกันโรคต่างๆ
ประการที่ห้าคือการป้องกันข้อห้ามเรื่องความเข้ากันได้ ยาปฏิชีวนะ และการใช้ร่วมกับยาอื่นๆ จะทำให้เกิดข้อห้ามเรื่องความเข้ากันได้และผลข้างเคียง การทำความเข้าใจอย่างลึกซึ้งเกี่ยวกับความเข้ากันได้ของยาปฏิชีวนะต่างๆ จะช่วยหลีกเลี่ยงข้อห้ามเหล่านี้ได้อย่างมีประสิทธิภาพ
ประการที่หก ยาปฏิชีวนะในกลุ่มเดียวกันไม่สามารถใช้พร้อมกันได้ การใช้ยาปฏิชีวนะชนิดเดียวกันพร้อมกันไม่เพียงแต่ไม่เพิ่มประสิทธิภาพเท่านั้น แต่ยังทำให้เกิดอาการไม่พึงประสงค์ทางคลินิกมากขึ้น เพิ่มค่าใช้จ่ายในการรักษา และอาจก่อให้เกิดผลเสียร้ายแรง เช่น สารตกค้างของยาสัตว์ในผลิตภัณฑ์จากสัตว์
